Depozitoriumas administruoja tris vertybinių popierių atsiskaitymo sistemas (angl. Securities Settlement System, SSS), sujungtas į vieningą platformą, užtikrinančią atsiskaitymus T2S.

Kiekviena vertybinių popierių atsiskaitymo sistema atitinkamai reglamentuojama Lietuvos, Latvijos ir Estijos nacionalinės teisės aktais.

Depozitoriume atidarytos sąskaitos samprata apibrėžiama dviem aspektais: operaciniu (funkciniu) ir teisiniu požiūriu. Operacinė vertybinių popierių sąskaita, atidaryta Lietuvos, Latvijos ar Estijos vertybinių popierių atsiskaitymo sistemoje, konsoliduota forma parodo visų dalyvio turimų vertybinių popierių likučius, esančius vienoje ar keliose atsiskaitymo sistemose. Teisiniu požiūriu sąskaita apibrėžiama pagal turimų vertybinių popierių išleidimo šalį, taip pat patvirtina dalyvio nuosavybės teises į vertybinius popierius ar teises juos tvarkyti kliento vardu atitinkamoje atsiskaitymo sistemoje.

Depozitoriume galimi įvairūs juridinių sąskaitų tipai, pvz., atskiros kliento sąskaitos, klientų sąskaitos ar asmeninės sąskaitos. Viena juridinė sąskaita siejama tik su viena to paties tipo juridine sąskaita kitoje atsiskaitymo sistemoje. Juridinė sąskaita nustatoma pagal:

  • Atitinkamos vertybinių popierių sąskaitos numerį;
  • Atitinkamų vertybinių popierių, saugomų toje juridinėje sąskaitoje, identifikacinį kodą (ISIN), naudojamą vertybiniams popieriams priskirti juridinei sąskaitai Lietuvos, Latvijos ar Estijos atsiskaitymo sistemai.

Atsiskaitymams už vertybinių popierių sandorius taikomi tos vertybinių popierių atsiskaitymo sistemos teisės aktai, kuriai priklauso juridinė sąskaita.

Bet kuris Depozitoriumo dalyvis savo vertybinių popierių sąskaitoje gali turėti Lietuvos, Latvijos ar Estijos finansinių priemonių, o tai reiškia, kad turės tris juridines sąskaitas – po vieną sąskaitą atitinkamoje vertybinių popierių atsiskaitymo sistemoje. Funkciniu požiūriu kiekviena vertybinių popierių sąskaita T2S platformoje laikoma viena sąskaita. Atsiskaitymo baigtumo tikslais vertybinių popierių likučiai vertybinių popierių sąskaitose priskiriami atitinkamos vertybinių popierių atsiskaitymo sistemos juridinei sąskaitai pagal tos šalies ISIN kodą.

Visiems T2S platformoje vykdomiems atsiskaitymams vertybiniais popieriais yra naudojama Depozitoriumo dalyvio operacinė vertybinių popierių sąskaita.