Sistēmas dalībnieks vai ieguldītājs, kas rīkojas ar sistēmas dalībnieka starpniecību, var atvērt savā vārdā dažāda veida norēķinu kontus, ko izmanto tikai vērtspapīru gala uzskaitē tajās vērtspapīru norēķinu sistēmās, kurās dalībniekam piešķirts sistēmas dalībnieka statuss. Par labu operacionālā vērtspapīru konta turētājam tiek izveidots vērtspapīru konts attiecīgajam ISIN tiklīdz notiek pirmreizēja vērtspapīru ar attiecīgo ISIN ieskaitīšana kontā.

Nasdaq CSD piedāvā tādus kontu veidus, ko var turēt kopā ar jebkuras vērtspapīru norēķinu sistēmas nominālajiem kontiem sistēmas dalībnieka vai sistēmas dalībnieka klienta vārdā, un ar īpašnieka kontiem gala ieguldītāja vārdā.

Katram juridiskajam vērtspapīru kontam ir unikāls konta numurs, kas sastāv no:

    • norēķinu konta numura, kas ļauj noteikt konta veidu un vērtspapīru turēšanas konta juridiskos aspektus (piemēram, aktīvu nošķiršanas līmeni un tiesības uz vērtspapīriem, attiecīgos gadījumos); un
    • norēķinu konta turētāja labā ieskaitīto vērtspapīru ISIN, kas ļauj noteikt vērtspapīru norēķinu sistēmu, kurā sākotnēji tiek reģistrēti vērtspapīri un, tādējādi, arī tiesību aktus, kas regulē vērtspapīru turēšanu.

Vērtspapīri, kas reģistrēti Nasdaq CSD kā emitenta Depozitārijā, tiek turēti un ar tiem saistītie norēķini tiek veikti tajā vērtspapīru norēķinu sistēmā, kurā šie vērtspapīri tika reģistrēti. Tiek uzskatīts, ka vērtspapīri, kas Depozitārijā tiek turēti kā ieguldītāja Depozitārijā, izmantojot Depozitārija saiti ar ārvalstu  centrālajiem vērstpapīru depozitārijiem, tiek uzglabāti konta operatora noklusējuma vērtspapīru norēķinu sistēmā, ja vien konta operators attiecīgajam vērtspapīru kontam nav izvēlējies citu noklusējuma vērtspapīru norēķinu sistēmu. Līdz ar to īpašumtiesību aspektus (tiesības uz vērtspapīriem, ķīlas tiesības un citas lietu tiesības) attiecībā uz vērtspapīriem, ko konta turētājs glabā:

    • Igaunijas vērtspapīru norēķinu sistēmā, regulē Igaunijas tiesību akti;
    • Latvijas vērtspapīru norēķinu sistēmā, regulē Latvijas tiesību akti;
    • Lietuvas vērtspapīru norēķinu sistēmā, regulē Lietuvas tiesību akti.